石磨面粉机在小麦加工过程中，皮芯不离，一起混合加工，这样加工出来的面粉虽然黑，但因为小麦的皮没有去掉而却富含营养物质，因为小麦的种皮中含有大量的维生素和矿物质，是给人体补充这些营养的良好来源。在现代方法加工面粉的时候小麦的种皮是要去掉的，去掉种皮以后，只加工麦仁，这样加工出来的面粉非常白，但是，在味道上却不如传统加工的面粉好。

石磨面粉机的特点是低速研磨，不会使粮食在加工过程中温度大增，石磨和粮食之间的自然摩擦减少面粉营养成分的损失，另外石磨中含有的矿物质也增加了营养。

传统面粉机一般采用钢磨辊精研细磨，磨粉机的运转速度快、温度高。一般速度为每分钟500转左右，研制出来的面粉更是烫手。而石磨面粉都采用低速研磨，电机带动石磨转动速度每分钟只有20转左右，温度低，这样不会使淀粉因高温熟化煳化，蛋白质面筋面性没有改变，维生素微量元素不被破坏，营养成分仍然存在。另外，因为石磨中含多种矿物质微量元素，在石磨面粉机和小麦自然摩擦中，矿物质营养元素也会进入面粉中，营养更丰富。
石磨面粉机加工的石磨面粉颜色一般会出现微黄色，因为含有大量的胡萝卜素和膳食纤维;而普通面粉会是纯白色，因为其上述营养物质含量不如石磨面粉。做食品时，石磨面粉比较筋道，还有一股麦香的味道。石磨面粉机低速研磨面粉营养成分仍在。